Il 23 marzo 2013, dieci giorni dopo la sua elezione, papa Francesco si recò a Castel Gandolfo presso il Palazzo Pontificio per fare visita al papa emerito Benedetto XVI. Dopo essersi abbracciati, i due Papi pregarono insieme, inginocchiati uno accanto all'altro. Storicamente si è trattato del primo incontro fra due pontefici.

​

Il 2 maggio 2013, dopo due mesi trascorsi a Castel Gandolfo, fece il suo ritorno in Vaticano, andando a vivere nel monastero Mater Ecclesiae così come precedentemente previsto, al termine dei lavori di ristrutturazione.

​

Il 5 luglio 2013 Benedetto XVI apparve in pubblico per la prima volta da Papa emerito insieme a Papa Francesco all'inaugurazione di un nuovo monumento a san Michele Arcangelo nei Giardini Vaticani.

​

Il 22 febbraio 2014 partecipò al primo Concistoro per la creazione di nuovi cardinali di Papa Francesco, assistendo al rito seduto tra i cardinali e salutando il pontefice regnante al termine della processione d'ingresso. Si è trattato della prima volta in cui si è verificata la compresenza di due Papi viventi all'interno della basilica di San Pietro.

​

Il 27 aprile 2014 concelebrò con Papa Francesco la Messa per la Canonizzazione dei suoi predecessori Giovanni XXIII e Giovanni Paolo II.

​

Il 28 settembre 2014 Benedetto XVI presenziò con Francesco al momento di dialogo della Festa degli anziani e dei nonni sul sagrato della basilica di San Pietro.

​

Il 19 ottobre 2014 concelebrò nuovamente con Papa Francesco la Messa in piazza San Pietro in occasione della Beatificazione di Paolo VI e della contestuale conclusione dell'Assemblea straordinaria del Sinodo dei vescovi.

​

Il 14 febbraio 2015 il papa emerito partecipò nuovamente nella Basilica di San Pietro al secondo Concistoro per la creazione di nuovi cardinali di Papa Francesco.

​

Il 30 giugno 2015 papa Francesco si recò al monastero Mater Ecclesiae per salutare il predecessore prima di un periodo di riposo che questi avrebbe trascorso per un paio di settimane presso la residenza estiva di Castel Gandolfo, trattenendosi per un colloquio di circa mezz'ora.[198] Durante il soggiorno a Castel Gandolfo, Benedetto XVI ricevette, il 4 luglio 2015, il dottorato honoris causa dalla Pontificia Università Giovanni Paolo II di Cracovia e dell'Accademia di Musica di Cracovia dal card- Stanisław Dziwisz, arcivescovo della città polacca.

​

L'8 dicembre 2015, giorno di apertura del Giubileo straordinario della misericordia, Benedetto XVI assistette all'apertura della Porta santa, varcandola subito dopo Papa Francesco.

​

Il 28 giugno 2016, in occasione del 65º anniversario della sua ordinazione sacerdotale, si svolse una cerimonia nella Sala Clementina del Palazzo Apostolico alla presenza di Papa Francesco e di altri membri della Curia romana. La cerimonia fu animata dalla Cappella Musicale Pontificia Sistina e fu introdotta da un discorso di Papa Francesco, seguito poi dagli interventi del cardinale Gerhard Ludwig Müller, prefetto della Congregazione per la dottrina della fede e del cardinale Angelo Sodano, decano del collegio cardinalizio. Al termine il Papa emerito prese la parola pronunciando a braccio un discorso di ringraziamento.

​

Il 28 giugno 2017 Benedetto XVI ricevette i cardinali da poco creati nella sua cappella privata e "[parlò] con tutti nella loro lingua nativa", rimarcando come essi provenissero "dai quattro continenti, dall'intera Chiesa". Egli precisò inoltre che "il Signore vinca alla fine" e, ringraziandoli per il loro ministero nella Chiesa, diede loro la sua benedizione particolare.

​

Nel luglio del 2017 Benedetto XVI fece pervenire un messaggio tramite il suo segretario particolare, l'arcivescovo Georg Gänswein, in occasione del funerale del cardinale Joachim Meisner, improvvisamente scomparso mentre si trovava in Germania. Nel suo messaggio, il papa emerito si riferiva a Meisner come a un "pastore appassionato" che aveva trovato "difficile abbandonare il suo posto". L'ex pontefice disse inoltre di aver parlato al telefono con Meisner proprio il giorno precedente alla morte di quest'ultimo e che il cardinale tedesco appariva rilassato per il periodo di vacanza che lo attendeva dopo aver presenziato alla beatificazione di Teofilius Matulionis a Vilnius.

​

In un saggio all'interno di un libro del cardinale Robert Sarah del 2020, Benedetto XVI espresse la propria idea circa il mantenimento del celibato del clero in seno alla Chiesa cattolica, proprio alla luce del recente dibattito sulla questione. Ciò fece parlare non solo del ruolo di Benedetto e dei suoi scritti all'interno del volume, ma anche sulle posizioni conservatrici di una parte della Chiesa cattolica che si erano recentemente scontrate con quanto emerso dal sinodo sull'Amazzonia voluto da Papa Francesco. Benedetto XVI chiese al suo segretario privato, l'arcivescovo Georg Gänswein, di rimuovere il suo nome, che appariva in copertina assieme a quello dell'autore.

​

Dal 18 al 22 giugno 2020 Benedetto XVI fu a Ratisbona, in Germania, per essere accanto al fratello Georg Ratzinger, gravemente malato e deceduto poi il 1º luglio. Questo fu l'unico viaggio internazionale di Benedetto XVI dopo la sua rinuncia al ministero petrino.

​

Il 4 settembre 2020 superò il primato di longevità per un Pontefice, detenuto da Leone XIII, diventando il Papa più anziano della storia.

​

Il 29 giugno 2021 festeggiò il 70º anniversario di sacerdozio e per l'occasione si organizzò una mostra, dal titolo "Cooperatores veritatis", dove furono esposti alcuni suoi oggetti personali.

​

Poco prima del Natale 2022, il Papa emerito iniziò ad accusare problemi respiratori che, nei giorni successivi, si aggravarono, tanto che papa Francesco, durante l’udienza generale del 28 dicembre 2022, chiese ai presenti di pregare per lui. Subito dopo si è recato al Monastero a fargli visita. Benedetto XVI ricevette l'unzione degli infermi nel pomeriggio di quello stesso mercoledì 28 dicembre.

 

Benedetto XVI muore la mattina del successivo 31 dicembre alle ore 9:34 nel monastero Mater Ecclesiae, in Vaticano, all'età di 95 anni. Papa Francesco è stato il primo a rendere omaggio alla salma, dopo 10 minuti dalla morte. Nello stesso giorno fu diffuso il suo testamento spirituale, scritto in lingua tedesca e datato 29 agosto 2006.

​

Il 1º gennaio 2023 la salma del Papa emerito fu esposta presso la cappella del monastero Mater Ecclesiae, venendo l'indomani traslata per l'omaggio dei fedeli nella Basilica di San Pietro, dove rimase fino al giorno del funerale. Più di 200mila persone gli hanno reso omaggio.

 

Le esequie, alla presenza di oltre 50mila fedeli provenienti da tutto il mondo, furono celebrate la mattina del 5 gennaio in Piazza San Pietro dal cardinale decano Giovanni Battista Re, in una cerimonia presieduta da Papa Francesco. Erano due secoli che un pontefice non celebrava il funerale di un suo predecessore. Al termine del funerale, la salma venne sepolta nelle Grotte Vaticane, nella stessa cappella che aveva ospitato le spoglie di Giovanni XXIII e Giovanni Paolo II. La cripta è stata aperta al pubblico la mattina dell'8 gennaio 2023.